המגוון של מוסדות ההשכלה הגבוהה באיחוד האמירויות הערביות מעלה חששות בקרב הרשויות בנוגע לסטנדרטים של חינוך, מכיוון שאוניברסיטאות שונות משתמשות בגישות ובקריטריוני הערכה שונים, העלולים להשפיע על איכות החינוך באופן כללי.
במיוחד מוסדות החינוך של דובאי וראס אל-ח'יימה, הממוקמים באזורים כלכליים חופשיים, מעוררים דאגה. רבות מהאוניברסיטאות הזרות פותחות את סניפיהן ללא רישיון מטעם משרד ההשכלה הגבוהה ומחקר מדעי. סניפים כאלה, בניגוד לאוניברסיטאות פדרליות, אשר הסטנדרטים שלהם נקבעים על ידי המשרד, מונחים על ידי הסטנדרטים של אוניברסיטאות זרות, מה שמביא להיעדר תוצאות אחידות.
באזור הכפר החופשי של דובאי בכפר הידע של דובאי (כפר הידע של דובאי), ישנם כ 20 אוניברסיטאות הנשלטות על ידי רשות הידע והפיתוח האנושי (KHDA). באזור הסחר החופשי Ras Al Khaimah יש 14 אוניברסיטאות.
בבירת איחוד האמירויות הערביות קשה לאבו דאבי לפתוח אוניברסיטה פרטית או סניף של מוסד חינוך זר. תקני החינוך של אבו דאבי מותאמים בהרמוניה בין מועצת החינוך באבו דאבי (Adec) לבין משרד החינוך. מכיוון שבבירה אין אזורים כלכליים חופשיים המכוונים לחינוך המתמחים, כל האוניברסיטאות חייבות להיות בעלות רישיון מטעם משרד ההשכלה הגבוהה ולהסמכה על ידי הוועדה לאישור אקדמי (CAA), הסוקרת את התוכניות ואת הצוות האקדמי של האוניברסיטאות בעת קבלת החלטותיהן.
נציגים רבים של אוניברסיטאות גדולות באיחוד האמירויות סבורים כי באופן אידיאלי, כל המוסדות להשכלה גבוהה במדינה צריכים להיות מורשים על ידי המשרד לפעילויות חינוכיות ולהסמכה על ידי הרשויות הרלוונטיות. רק במקרה זה ניתן להבטיח איכות הגונה של השכלה גבוהה באמירויות.
